با افزایش استفاده از کارت های بانکی توسط عموم، یکی از گزینه هایی که در انتخاب و خرید نرم افزار حسابداری برای صاحبان مشاغل بسیار حائز اهمیت است امکان اتصال نرم افزار حسابداری به دستگاه های کارتخوان بانک ها می باشد که بتوانند هم سهولت خرید برای مشتری را فراهم آورند و هم اینکه احتمال خطا را در حساب های خود هنگام خرید مشتری به حداقل برسانند. از طرفی هم کم بودن وجوه نقد در صندوق فروشگاه، باعث آسودگی خیال فروشنده و رونق گردش حساب وی خواهد بود.
استفاده از دستگاه های کارتخوان هنگام صدور فاکتور در نرم افزار حسابداری باعث افزایش دقت برای دریافت و پرداخت وجه می شود چون دیگر عوامل انسانی در آن دخالت ندارند که این موضوع یکی از اصلی ترین مزایای استفاده از کارتخوان ها در نرم افزار حسابداری می باشد که به اهمیت آن نیز می افزاید.